Meyve ve sebzelerin uygun koşullarda muhafazası kadar uzun süre muhafaza edilmesi de önemlidir. Söz konusu uygulamalarda soğutma işlemi için gerekli tüm koşullar sağlandığı gibi özel olarak tasarlanmış tam anlamı ile sızdırmaz depolarda meyve ve sebzelerin soğukta saklanması sırasında kalitenin mümkün olduğunca korunması için kullanılan bir başka işlemin adına Atmosfer Kontrollü Soğuk Depolar denir. Bir diğer tanımı ile sebze ve meyve ürünlerinin tazeliğini ilk gün ki gibi koruyarak daha uzun süre muhafaza edilebilecekleri ve muhafaza sırasında ürün kayıplarının yaşanmaması için özel olarak ayarlanmış soğuk hava depolarıdır.
Atmosfer Kontrollü Soğuk Odaların diğer avantajları işletme ve bakım ücretleri düşüktür. En önemli avantajı enerji tasarrufudur çünkü birçok kullanıcı verim alabilmenin yanında maliyetini de düşünmek zorundadır. Soğuk Hava depo atmosferi kontrol altında olduğundan dolayı diğer zararlı gazlar bulunmaz. Üründen su kaybı minimum seviyede tutulduğundan ağırlık kaybı çok düşüktür. Bu sistemle depolanan ürünün kalitesi hasat edildiği anda ki kalitesine en yakın özelliktedir ve daha çok tüketici tarafından tercih edilir. Ürünlerin daha uzun süre ve kalite özelliklerini koruyarak depolama avantajı sağlar. Meyve ve sebzelerin atmosfer kontrollü soğuk hava depolarında muhafaza süreleri ürüne göre değişim göstermektedir.
Ürün hasat sonrası saklandığı sıcaklık ile orantılı solunum yaptığı ve bu sırada Oksijenden yararlandığı için hem sıcaklığı düşürülerek solunum hızı yavaşlatılmakta hem de ortamın Oksijen seviyesi azaltılarak yararlanabileceği miktar en az seviyelerde tutulmaktadır. Bu değişimler sürekli olarak izlenmekte ve istenen gaz değerleri dışarıdan müdahale ile sağlanmaktadır. Kontrollü atmosferde depolama, soğukta depolamaya göre saklama süresini ürüne bağlı olarak %50 ile %100 oranında arttırmaktadır. Ürünlerin normal muhafaza sürelerinden daha uzun süre muhafaza edilmesini sağlamakla birlikte meyve ve sebzeler doğru bir şekilde muhafaza edilerek Oksijen seviyesinin minimum olmasıyla ürün kaybının yaşanmaması. Bunun yanı sıra ürünlerde fizyolojik süreç yavaşlatılarak kaliteleri en son ana kadar korunur.
Bu tip soğuk odalarda meyve ve sebzenin muhafaza edileceği ve gelişimini sürdüremeyeceği bir ortam oluşturulmaktadır. Her ürünün cinsine göre ısı derecesi sağlanmalıdır ve O2 seviyesi yok edilecek kadar azaltılmalıdır ki ürünler doğru bir şekilde muhafaza edilsin. Amaç, bu depolanan gıdalarda kaliteyi korumak için oksijen seviyesini olabildiğince düşük tutmaktır. Meyve ve sebzelerin atmosfer kontrollü soğuk hava depolarında muhafaza süreleri ürüne göre değişim göstermektedir.